Мигель Рохас за свою футбольную карьеру выступал за различные колумбийские клубы: «Атлетико Уила», «Онсе Кальдас», «Бояка Чико», «Мильонариос» и «Альянса Петролера». Большую её часть Рохас провел в команде «Атлетико Уила», которую он представлял в 1993-2003 и 2011 годах. В составе клуба «Онсе Кальдас» Рохас стал обладателем Кубка Либертадорес в 2004 году.
