Родился в Эстляндии, в семье пастора. В 1793—1795 годах учился в Ревельском приходском училище. Из Йенского университета (1795—1798) вышел со званием доктора философии.
С 1805 года[2] он работал в Санкт-Петербургской губернской гимназии «сначала в качестве учителя, потом инспектора[3] её»[4]. В 1813—1815 годах — адъюнкт-профессор, а в 1815—1818 годах — профессор Педагогического института.
В 1846 году Миддендорф получил чин тайного советника и вышел в отставку.
Из публикаций известна только его работа «Повести для образования сердца и разума…» (частично — перевод с немецкого языка, частично — заимствовано из российских писателей).