В сезоне 2003-04 Джейкоб Микфликер дебютировал в университетском хоккее за команду Университета Нью-Гемпшира. В сезоне 2006/2007 был назначен ассистентом капитана команды.
Летом 2013 года подписал контракт с минским «Динамо»[1]. В октябре руководство клуба расторгло с ним контракт[2]. 13 октября 2013 года вернулся в Швейцарию, подписав двухлетний контракт с клубом «Лугано»[3].