Миньямбрес начал карьеру выступая за молодёжные команды «Атлетико Асторга», «Самора» и хихонского «Спортинга». В 1986 году он был включен в заявку команды на сезон. 26 марта 1988 года в матче против «Атлетико Мадрид» Филипе дебютировал в Ла Лиге. В своём втором сезоне он стал ключевым футболистом «Спортинга» и с 9 мячами стал вторым бомбардиром команды.
Летом 1989 года Миньямбрес перешёл в «Тенерифе». 3 сентября в поединке против «Севильи» он дебютировал за новый клуб. Дважды Филипе помогал клубу занимать пятое место в чемпионате и выступать в Кубке УЕФА. В 1997 году он с командой дошёл до полуфинала турнира. В 1999 году Миньямбрас завершил карьеру, выступая за «Тенерифе» на протяжении десяти сезонов.