Футбольную карьеру Самарджич начал за словенский клуб «Триглав» в 2005 году. В 2007 году перебрался в «Марибор», за который провёл 64 встречи и стал чемпионом Словении. С 2010 года является игроком тираспольского футбольного клуба «Шериф», в сезонах 2009/10 и 2011/12 становился чемпионом Молдовы. В июле 2012 года получил капитанскую повязку в «Шерифе»[3]. В мае 2013 года Мирал стал чемпионом Молдовы в третий раз[4]. В сезоне 2013/14 вместе с командой пробился в групповой этап Лиги Европы[5]. По итогам сезона 2013/14 стал в четвёртый раз чемпионом Молдовы[6][7]. Летом этого же года перешёл в хорватский футбольный клуб «Риека»[8], стоимость трансфера составила 170 тысяч евро[9]. В самом начале выступления за новый клуб Самарджич стал обладателем Суперкубка Хорватии, его команда выиграла со счётом 2:1, а сам Мирал забил гол на 11 минуте поединка[10]. По окончании сезона 2014/15 с командой завоевал серебряные медали чемпионата страны.
31 августа 2017 года стало известно, что Самарджич перешел в российский клуб «Анжи»[11][12][13].