Вместе со своими братьями Дмитрием и Семёном — Михаил Фёдорович правил Воротынским княжеством. После смерти отца, братья князья Михаил, Дмитрий и Семён Фёдоровичи получили в совместное владение Воротынское княжество, каждый из братьев владел частью (третью) отцовского княжества.
Отложился от короля польского и перешёл в подданство Москвы (1484).
Князь Михаил Фёдорович умер до 1483 года, после чего управление его долей Воротынского княжества перешло к его единственному сыну Ивану Воротынскому.