Михалик — воспитанник клуба «Жилина». 26 ноября 2011 года в матче против «Дуклы» он дебютировал в чемпионате Словакии[2]. В своём дебютном сезоне Ярослав стал чемпионом и завоевал Кубок Словакии. 16 сентября 2012 года в поединке против «Дуклы» Михалик забил свой первый гол за «Жилину»[3]. В 2015 году Ярослав с двенадцатью мячами занял второе место в списке бомбардиров чемпионата. В начале 2016 года Михалик перешёл в пражскую «Славию». 19 февраля в матче против «Высочины» он дебютировал в Гамбринус лиге[4]. 14 мая в поединке против «Виктории Пльзень» Ярослав забил свой первый гол за «Славию»[5].
В начале 2017 года Михалик был отдан в аренду в польскую «Краковию». 10 февраля в матче против «Руха» он дебютировал в польской Экстраклассе[6]. В поединке против «Арки» Ярослав забил свой первый гол за «Краковию».
По завершении аренды перешёл в «Краковию», подписав постоянный контракт. В начале 2018 года он на правах аренды вернулся в «Жилину».