Эль-Шенави начал карьеру в столичном клубе «Аль-Ахли». 6 мая 2008 года в матче против ЕНППИ он дебютировал за команду в чемпионате Египта. В том же году Эль-Шенави стал чемпионом страны. В 2009 году в поисках игровой практики Мохамед перешёл в «Тала Аль Гаиш». В начале 2013 года эль-Шенави присоединился к на правах аренды к «Харас Эль-Ходуд». 4 февраля в матче против «Вади Дегла» он дебютировал за новую команду[4]. Летом того же года Мохамед подписал контракт с клубом «Петроджет», где три следующие сезона отыграл почти без замен. Летом 2016 года эль-Шенави вернулся в «Аль-Ахли». В 2017 году он помог команде выиграть чемпионат и завоевать Кубок Египта. В 2018 году Мохамед в третий раз стал чемпионом страны.