Во взрослом футболе дебютировал в 2002 году в составе клуба «Эньимба», с которым выигрывал титул чемпиона Африки в 2003 и 2004 годах. В 2006 году перешёл в суданский клуб «Аль-Хилаль», за который играл на протяжении двух сезонов.
23 января 2009 года Юсуф Мохаммед завершил переход в швейцарский футбольный клуб «Сьон» вслед за своим соотечественником Обинной Нванери, который тоже присоединился к клубу в 2007 году[1].
В мае 2010 года Юсуф вернулся в «Аль-Хилаль», где и завершил карьеру футболиста после полученной травмы[2].