После военного переворота Пьера Буйои Рожер Мпунгу был единственным оставшимся католическим епископом в Бурунди и участвовал в деятельности по прекращению конфликта в стране.
1 июля 1994 года Рожер Мпунгу подал в отставку.
Скончался 6 декабря 2007 года в городе Муйинга и был похоронен в соборе Муйинги.