Мурильо — воспитанник клуба «Самора». 22 октября 2012 года в матче против «Льянерос» он дебютировал в венесуэльской Примере[1]. 19 августа 2013 года в поединке против «Депортиво Петаре» Джон забил свой первый гол за «Самору»[2]. В 2013 и 2014 годах Мурильо дважды помог команде выиграть чемпионат. 26 марта 2014 года в матче Кубка Либертадорес против парагвайского «Насьоналя» он забил свой первый гол на международном клубном уровне[3].
В мае Мурильо подписал пятилетний контракт с португальской «Бенфикой»[5][6]. Для получения игровой практики он сразу же был отдан в аренду в клуб «Тондела». 14 августа в матче против лиссабонского «Спортинга» Джон дебютировал в Сангриш лиге[7]. 3 января 2016 года в поединке против «Риу Аве» он забил свой первый гол за новый клуб[8].