Ндойе — воспитанник клуба «Якаар». В 2009 году он перешёл во французский «Эпиналь». В 2012 году Шейх подписал контракт с «Кретей». 3 августа в матче против «Серкль Атлетик» он дебютировал за новую команду[2]. 17 августа в поединке против «Шербура» Ндойе забил свой первый гол за «Кретей»[3]. По итогам сезона Шейк помог команде выйти в более высокий дивизион. 2 августа в матче против «Нима» он дебютировал в Лиге 2[4].
Летом 2015 года Ндойе перешёл в «Анже». 8 августа в матче против «Монпелье» он дебютировал в Лиге 1[5]. 22 августа в поединке против «Газелека» Шейк забил свой первый гол за «Анже»[6].
