Футбольный клуб «Наньтун Чжиюнь» был основан в январе 2016 года[1], когда команда купила первый состав клуба «Гуаньси Лунгуйда», а также его место в третьем дивизионе Китая по футболу[2]. Название клуба происходит от Пагоды Чжиюнь, которая располагается на горе Ланшань в окрестностях города Наньтун.
В сезоне 2018 во Второй лиге команда завоевала возможность со следующего сезона выступать в первой лиге впервые в истории. 27 октября 2018 года на стадионе провинции Шаньси в присутствии 48,869 зрителей «Наньтун Чжиюнь» в упорной борьбе победил «Шэньси Чанъань» со счётом 1-0, гол на последней минуте матча забил Нань Юньци.
