НАС была создана в 1981 году, когда Народная армия сопротивления (НАР) Йовери Мусевени объединилась с группировкой «Борцы за свободу Уганды», созданной бывшим президентом Юсуфов Луле. Мусевени, лидер партии Угандийское патриотическое движение объявил выборы 1980 года в стране фальсифицированными и призвал к вооружённому восстанию против нового правительства[1]. Группировка получала поддержку со стороны ливийского лидера Муаммара Каддафи[2][3].
После победы сторонников Мусевени в гражданской войне НАС была официально реорганизовала в вооружённые силы Уганды.