Неманья Николич является воспитанником футбольного клуба «Црвена звезда». В 2006—2008 годах играл в арендах в ФК «Златибор Вода» и ФК «Грбаль». После возвращения из аренды сыграл 25 матчей за воспитавшую его команду. В 2010—2011 опять ушёл в аренду. В 2011 подписал контракт с ОФК.
В 2013 году перешёл в «Динамо» (Минск) на срок два с половиной года[3]. В первом сезоне за столичную команду сыграл 20 матчей во всех турнирах забил 1 гол. В сезоне 2014 сыграл 41 матч во всех турнирах и забил 7 мячей. Сыграл 6 матчей на групповом этапе Лиги Европы, забил 2 мяча: греческому ПАОКу и итальянской «Фиорентине». Вошёл в символическую сборную (сборная Б) чемпионата Белоруссии[4]. С июля 2015 года — игрок борисовского БАТЭ. В марте 2019 года подписал контракт с ФК Минск на срок до конца 2019 года[5][6].