Франсис Н’Ганга начинал карьеру футболиста в 2005 году во французском клубе «Гренобль», выступавшем тогда во Второй лиге. В ней он дебютировал 20 мая 2005 года, выйдя в стартовом составе в домашнем матче против «Нанси»[3]. По итогам чемпионата 2007/08 «Гренобль» вышел в Лигу 1 и Н’Ганга получил возможность дебютировать на высшем уровне, что случилось лишь 11 ноября 2008 года в гостевом поединке против «Тулузы»[4].
Летом 2009 года Н’Ганга перешёл в клуб французской Лиги 2 «Тур», где отыграл следующие 3 сезона. Летом 2012 года конголезец стал игроком бельгийского «Шарлеруа».