13 апреля1952 года Ованес Каспарян был рукоположён в священника, после чего был вице-президентом Патриаршей конгрегации из Бзоммар. В это же время до 1957 года преподавал в армянской школе в Риме. В 1957 году был назначен апостольским администратором армянской католической общины в Египте.
5 августа1982 года Синоде Армянской католической церкви избрал Ованеса Каспаряна патриархом Киликии Армянской. 7 августа1982 года в городе Бзоммар в Ливане состоялось торжественная интронизация Ованеса Каспаряна в патриарха Киликии Армянской.