Родился 3 мая 1922 года в селе Кара-Спасское (ныне — город Арыс в Туркестанской областиКазахстана). Происходит из подрода акмырза рода кулшыгаш племени конырат.[1] Рано остался без родителей, рос в детском доме.
После окончания Чимкентского сельскохозяйственного техникума работал гидротехником.
К октябрю 1943 года красноармеец Бейсен Онтаев был разведчиком 120-го стрелкового полка 69-й стрелковой дивизии 18-го стрелкового корпуса 65-й армии Центрального фронта. Отличился во время битвы за Днепр. 15 октября 1943 года Онтаев в составе передовой группы переправился через Днепр в районе посёлка РадульРепкинского районаЧерниговской областиУкраинской ССР и принял активное участие в боях за захват плацдарма, лично уничтожив 8 солдат и офицеров противника. На следующий день Онтаев активно участвовал в отражении немецких контратак, только во время одной из них уничтожив 8 солдат и офицеров противника[2].
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 30 октября 1943 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство» красноармеец Бейсен Онтаев был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда»[2].
В 1946 году в звании старшего лейтенанта Онтаев был уволен в запас. Вернулся в Казахскую ССР.
После окончания партийной школы при ЦК КП Казахской ССР и Чимкентского педагогического института руководил средней школой имени А. С. Пушкина посёлка «Дармина» Чимкентской области.
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1988. — Т. 2 /Любов — Ящук/. — 863 с. — 100 000 экз. — ISBN 5-203-00536-2.