Клуб был основан в 2010 году[1]. В сезоне 2012/13 команда стартовала во втором дивизионе Андорры. Команду возглавил Карлос Санчес Эстелья, а в январе 2013 года команду принял Карлес Валлверду. «Ордино» по ходу турнира не проиграла ни одной игры и стала победителем Сегона Дивизио. Лучшим бомбардиром турнира стал игроком команды Карлос Гомес[2][3].
В конце октября 2013 года команду возглавил Хосе Луис Дуке, заменивший Сальвадора Эструха[4]. В августе 2014 года главным тренером «Ордино» стал Виктор Мануэль Торрес Местре[5]. В сентябре 2016 года известный аргентинский футболист Хавьер Савиола вошёл в тренерский штаб клуба[6].