Марсело Ортис начинал карьеру футболиста в клубе «Бока Унидос», выступая за него в Примере B Насьональ. В 2012—2013 годах он на правах аренды выступал за «Комуникасьонес» из Мерседеса. В начале августа 2017 года Ортис был отдан в аренду команде «Росарио Сентраль».
26 августа 2017 года защитник дебютировал в аргентинской Примере, выйдя на замену в середине второго тайма гостевого матча против «Колона»[1].