Ортлехнер — воспитанник клуб «Рид» из своего родного города. В 1999 году он дебютировал за команду в австрийской Бундеслиге. 30 марта 2002 года в поединке против «Кернтена» Мануэль забил свой первый гол за «Рид». В команде Ортлехнер провёл пять сезонов сыграв более 100 матчей.
После ухода из «Рида» Мануэль по несколько сезонов отыграл за «Пашинг» и «Аустрия Кернтен». Летом 2009 года он перешёл в венскую «Аустрию». 19 июля в матче против «Ред Булл Зальцбург» Ортлехнер дебютировал за столичный клуб[3]. 24 июля в поединке против ЛАСКа он забил свой первый гол за «Аустрию»[4]. В 2013 году Мануэль помог клубу выиграть чемпионат и был выбран капитаном команды.
