Летом 2010 года Перес был отдан в аренду в «Унион Санта-Фе». 8 августа в матче против «Депортиво Мерло» он дебютировал за новую команду[3]. 11 декабря в поединке против «Итусаинго» Пабло сделал «дубль»[4].
Зимой 2014 года Перес перешёл в испанскую «Малагу», подписав соглашение на три с половиной года[5]. 17 января в матче против «Валенсии» он дебютировал в Ла Лиге, заменив во втором тайме Саму[6]. 25 марта в поединке против «Эспаньола» Пабло забил свой первый гол «Малагу»[7].
В начале 2015 года Перес на правах аренды перешёл в «Бока Хуниорс». 15 февраля в матче против «Олимпо» он дебютировал за новую команду[8]. 3 мая в поединке против «Ривер Плейта» Пабло забил свой первый гол за «Боку»[9]. В сентябре руководство клуба выкупило трансфер Переса и подписало с ним контракт до 2019 года. В 2017 году он помог клубу выиграть чемпионат.
