Марсело Пагани начинал свою футбольную карьеру и провёл большую её часть в команде «Росарио Сентраль», за которую в итоге провёл 67 матчей и забил 23 мяча в рамках чемпионата Аргентины. В 1962 году Пагани перешёл в клуб «Ривер Плейт», откуда в том же году он отправляется в Италию, где он успевает побывать футболистом миланского «Интера», «Мессины» и «Мантовы». В 1966-м Пагани возвращается в родной «Росарио Сентраль», а в 1969-м заканчивает свою карьеру футболиста в чилийском «Аудакс Итальяно».