В 1922 году решением Священного Синода Константинопольского Патриархата, по инициативе Патриарха Мелетия (Метаксакиса), была образована Фиатирская архиепископия с юрисдикцией над Западной и Центральной Европой, в том числе и Мальтой. В марте 2005 года территория Мальты из состава Фиатирской архиепископии была передана в ведение Италийской митрополии[2].
Экзархат был создан в соответствии с патриаршим и синодальным томосом от 14 января 2021 года. Территория была выделена из существовавшей до тех пор Италийской и Мальтийской митрополии[3]. 16 февраля того же года митрополит Кринийский Кирилл (Катерелос) был избран первым патриаршим экзархом новосозданного экзархата[4].