О его детстве и мирской жизни сведений практически не сохранилось, известно лишь, что с 1196 года он жил в Киево-Печерском монастыре (ныне Лавра) и там принял монашескийпостриг с именем Пахомия[1].
В декабре 1214 года Пахомий был хиротонисан в епископа Ростовского и Ярославского[1]. В 1216 году Константин Всеволодович после липицкой победы над младшими братьями и утверждении во Владимире оставил своего семилетнего сына в Ростове на попечении епископа Пахомия, который был известен своей образованностью[2].
При Пахомии, около переправы через Которосль, был заложен знаменитый Спасо-Ярославский монастырь[1], заняв угловое положение в системе городских оборонительных сооружений. Монастырь долгое время был духовным, культурным и экономическим центром города Ярославля[3].
Нил (Исаакович Н. Ф.). Ярославский Спасо-Преображенский монастырь, что ныне архиерейский дом, с присовокуплением Жития св. благоверных князей Феодора, Давида и Константина, ярославских чудотворцев, и хронологического указателя иерархов ростовской и ярославской паствы. — Ярославль: 1862. 96 с.; 2-е изд. — Ярославль: 1869.
