Представляя полковника Пахомова личному составу управления, заместитель директора ФСБ России генерал-полковник Евгений Ловырев отрекомендовал его как «профессионала и опытного руководителя»[1]. Полномочный представитель президента России в УрФО Пётр Латышев отметил, что «Юрий Пахомов проявил себя как ответственный и умелый руководитель, и сможет сохранить все позитивные наработки»[2].
В 2011 году уволен в запас ФСБ России в связи с достижением предельного возраста пребывания на военной службе. Его пост занял Вадим Пятилетов [3].