В дальнейшем у Пашкова, начавшего претендовать на роль лидера восставших, возникли острые разногласия с Болотниковым, чем поспешили воспользоваться правительственные силы. 27 ноября 1606 года[по какому календарю?] в сражении под Москвой с пятьюстами своих всадников Истома перешёл на сторону правительства. В сражении в селе Коломенском Пашков разгромил армию Болотникова. В дальнейшем участвовал в подавлении восстания, особенно отличившись в сражении под Пчельней