Пинарес — воспитанник клуба «Коло-Коло» из своего родного города. В 2009 году он дебютировал в чилийской Примере. В январе 2010 года Сесар подписал контракт с итальянским «Кьево». Из-за высокой конкуренции Пинарес не смог дебютировать за основной состав и в 2011 года на правах аренды перешёл в клуб «Триестина». В 2011 году Сесар на правах аренды вернулся на родину в «Сан-Луис Кильота». 28 июля в матче против «Магальянес» он дебютировал в чилийской Примере B[4]. 26 октября в поединке против «Ньюбленсе» Пинарес забил свой первый гол за «Сан-Луис Кильота»[5].
В начале 2013 года Сесар в третий раз был отдан в аренду, его новым клубом стал «Сантьяго Морнинг». 16 февраля в матче против «Унион Сан-Фелипе» он дебютировал за новую команду[6]. 28 апреля в поединке против своего бывшего клуба «Сан-Луис Кильота» Пинарес забил свой первый гол за «Сантьяго Морнинг»[7].
Летом того же года Сесар перешёл в «Депортес Икике». 28 июля в матче против «О’Хиггинс» он дебютировал за новую команду[8]. 6 октября в поединке против «Кобрелоа» Пинарес забил свой первый гол за «Дипортес Икике»[9]. В 2014 году он помог команде выиграть Кубок Чили. В том же году Сесар на правах краткосрочной аренды присоединился к греческому «Олимпиакосу» из Волоса. 12 октября в матче против «Закинтоса» он дебютировал в Греческой лиге[10]. После окончания аренды Пинарес вернулся в «Депортес Икике».
В начале 2016 года Сесар перешёл в «Унион Эспаньола». 16 января в матче против своего родного «Коло-Коло» он дебютировал за новую команду[11]. 27 февраля в поединке против «Универсидад де Консепсьон» Пинарес забил свой первый гол за «Унион Эспаньола»[12]. Летом 2017 года Сесар перешёл в аравийский клуб «Шарджа». 21 сентября в матче против «Аль-Дафры» он дебютировал в Гольф-лиге[13]. В 2018 году игрок вернулся в «Коло-Коло».
В начале 2019 года Пинарес присоединился к «Универсидад Католика». 16 февраля в матче против «Кокимбо Унидо» он дебютировал за новую команду[14]. 18 мая в поединке против «Депортес Антофагаста» Сесар забил свой первый гол за «Универсидад Католика»[15]. 17 сентября 2020 года в матче Кубка Либертадорес против «Гремио» он забил гол[16]. В составе клуба игрок дважды выиграл чемпионат. В том же году Пинарес перешёл в бразильский «Гремио». 23 ноября в матче против «Коринтианса» он дебютировал в бразильской Серии A[17]. 6 декабря в поединке против «Васко де Гама» Сесар забил свой первый гол за «Гремио»[18].
Летом 2021 года Пинарес перешёл в турецкий «Алтай». 14 августа в матче против «Кайсериспора» он дебютировал в турецкой Суперлиге[19]. 21 августа в поединке против «Аланьяспора» Сесар забил свой первый гол за «Алтай»[20]. В 2022 году Пинарес вернулся на родину в «Универсидад Католика».
11 января 2017 года в матче China Cup 2017 против сборной Хорватии Пинарес дебютировал за сборную Чили[28]. В этом же поединке он забил свой первый гол за национальную команду.
