Пирес — воспитанник клуба «Ред Булл Бразил». В 2014 году он перешёл в немецкий аналог «РБ Лейпциг». Летом 2014 года Фелипе подписал контракт с австрийским «Ред Булл Зальцбург», но для получения игровой практики начал выступать за дублёров из «Лиферинга». 18 июля в матче против «Хартберга» он дебютировал в Первой лиге Австрии[3]. В начале 2015 года Пирес был включён в заявку основной команды. 22 февраля 2015 года в матче против «Рида» он дебютировал в австрийской Бундеслиге[4]. В этом же поединке Фелипе забил свой первый гол за «Ред Булл Зальцбург». В своём дебютном сезоне он стал чемпионом и обладателем Кубка Австрии.
Летом 2016 года Пирес на правах аренды присоединился к венской «Аустрии». 24 июля в матче против «Санкт-Пёльтена» он дебютировал за новую команду[7]. 18 февраля 2017 года в поединке против «Штурма» Фелипе забил свой первый гол за «Аустрию»[8]. Летом аренда была продлена. В 2018 году Пирес вернулся в «Хоффенхайм».