Родился 11 сентября 1997 года в немецком городе Ландсхут в семье выходцев из Хорватии. Воспитанник юношеских команд «Бавария» и «Ингольштадт 04».
Во взрослом футболе дебютировал в 2016 году за дублёров клуба «Мюнхен 1860», в следующем году провёл несколько матчей за основную команду.
В 2017 году перешёл за миллион евро в австрийский клуб «Ред Булл»[1]. 22 июля в матче против «Вольфсберга» Понграчич дебютировал за новый клуб. 23 ноября в поединке против «Витории Гимарайнш» Марин дебютировал в Лиги Европы УЕФА.
15 января 2020 года, контракт защитника выкупил немецкий «Вольфсбург», сумма трансфера составила 10 миллионов евро[2].
31 августа 2021 года дортмундская «Боруссия» арендовала хорвата на год с опцией выкупа. 11 сентября в поединке против «Байер 04» он дебютировал за клуб в немецкой Бундеслиге.