Биатлоном начал заниматься в 1986 году. Выступал за клуб «Похьякоткас». Участник Олимпийских игр в Нагано, Солт-Лейк-Сити и Турине. Долгое время был лидером своей сборной. За свою карьеру Прантс трижды попадал в «десятку» сильнейших на этапах Кубка мира по биатлону. Лучший результат — 8 место (два раза).
После сезона 2005/06 и неудачного выступления в Турине, а также с учётом финансовых проблем в сборной, Янно Прантс вместе со своим партнером по сборной Дмитрием Боровиком объявил о паузе в карьере. Однако в большой спорт он больше не вернулся.