Основу финансирования премии составляли проценты с «6808 руб. 98 коп., оставшихся неизрасходованными из капитала, собранного подпискою по случаю празднования пятидесятилетия со дня получения г. Бэром звания доктора… с тем, чтобы оне носили название „Премий Тайного Советника Бэра“ и были присуждаемы за лучшие сочинения по части естествознания»[1].
В 1874 году[2] была также учреждена золотая медаль его имени стоимостью 200 рублей, присуждаемая раз в 3 года. Надпись на медали гласила: Orsus ab ovo hominem homini ostendit — «начав с яйца, он показал человеку человека».
Еще одна медаль - почетная юбилейная медаль имени К. М. Бэра - была учреждена в 1892[2].