«Лексикон треязычный» Поликарпова отводил Рафаилу первое место после Стефана Яворского «в знании богословия и свободных учений и во изрядстве латинского диалекта».
21 марта 1708 года хиротонисан во епископа Холмогорского и Важеского с возведением в сан архиепископа.
В сане архиепископа Рафаил не без успеха вёл публичные «состязания» со старообрядцами.
Скончался 4 ноября 1711 года в Архангельске. Погребен в Холмогорском соборе.
Сочинения
Памятником его борьбы со старообрядцами является сочинение «Изъявление о двуперстном и триперстном знамении честнаго креста», оставшееся ненапечатанным. Кроме того, после Рафаила остались «Поучение всему народу, 9 января 1711 г.» и «О погребении в пустых местах, без молитв священника, не исповедавшихся и не причащавшихся св. тайн» (1709).