Эмилио Рентерия начал свою карьеру в 2001 году в испанском клубе «Леванте». В 2004 году вернулся на родину, и подписал контракт с венесуэльским клубом «Депортиво Италия», где забил 12 голов в течение сезона. В 2005 году Эмилио присоединился к клубу «Унион Атлетико Маракайбо», где в течение двух сезонов (2005—2007) забил 14 голов.
19 августа 2009 года присоединился к американскому клубу «Коламбус Крю». В течение сезона 2010/2011 смог доказать свою ценность для команды. Свой первый гол в клубе забил 20 мая 2010 года, играя против «Нью-Йорк Ред Буллз». 17 июля 2010 года забил еще один гол в ворота «Нью-Йорк Ред Буллз» во время победного матча со счетом 2:0. 24 июля 2010 года забил гол в первом тайме против «Хьюстон Динамо». В 2012 году «Коламбус Крю» отказался продлить контракт Эмилио.[3]
21 февраля 2013 года подписал новый контракт с уругвайским клубом «Дефенсор Спортинг».