Руис — воспитанник клуба «Форталеса Сипакира». 7 октября 2018 года в матче против «Депортес Киндио» он дебютировал в колумбийской Примере B[2]. 14 ноября 2020 года в поединке против «Льянерос» Даниэль забил свой первый гол за «Форталеса Сипакира»[3]. В начале 2021 года Руис перешёл в «Мильонариос». 16 января в матче против «Энвигадо» он дебютировал в Кубке Мустанга[4]. 20 июня в матче против «Депортес Толима» Даниэль забил свой первый гол за «Мильонариос»[5].
В начале 2023 года Руис на правах аренды перешёл в бразильский «Сантос»[6]. 16 февраля в поединке Лиги Паулиста против «Санту-Андре» Даниэль дебютировал за основной состав[7]. 16 апреля в матче против «Гремио» он дебютировал в бразильской Серии A[8]. По окончании аренды игрок вернулся в Мильонариос.