Впервые Руэда стал известным как тренер молодёжной и юношеской сборных команд Колумбии. Со сборной Колумбии U-20 он занял третье место на молодёжном чемпионате мира 2003. Также он вывел команду U-17 на четвёртое место в том же году на юношеском чемпионате мира.
После провального начала квалификации на чемпионате мира 2006 года (1 очко после 5 игр) федерация футбола Колумбии назначила Руэду на должность главного тренера национальной сборной. Под руководством Руэды колумбийцы улучшили игру и турнирное положение, однако отобраться на ЧМ-2006 всё же не смогли.
С сентября 2010 года по июнь 2014 — главный тренер сборной Эквадора.
С июня 2015 года — главный тренер клуба «Атлетико Насьональ». Во главе медельинской команды выиграл чемпионат Колумбии (Финалисасьон 2015) и суперлигу (2016).