Самуэльсен начал карьеру в клубе первого дивизиона Норвегии «Хёугесунн». В 2003 году он перешёл в «Викинг». Сумма трансфера составила 200 тыс. фунтов. Этот переход стал вторым по дороговизне в истории клуба. В этом же сезоне он дебютировал в Типпелиге. Йоне не всегда выходил на поле в основе и в 2005 году на правах аренды он был отдан в «Шейд». После возвращения из аренды Йоне стал основным футболистом Викинга и провёл за команду более 100 матчей.
В 2010 году Самуэльсен перешёл в «Одд». 14 марта в матче против «Стабека» он дебютировал за новую команду[2]. 6 июня в поединке против «Хёнефосса» Йоне забил свой первый гол за «Одд»[3].
25 сентября 2011 года в игре «Тромсё» Йоне Самуэльсен забил гол головой с расстояния 58,13 м в пустые ворота (изначально утверждалось, что гол был забит с 57,3 м) и тем самым установил мировой рекорд по самому большому расстоянию, с которого забивался в профессиональных матчах гол головой[4][5].
.svg){kind=link}
