Профессиональную карьеру начал во Франции, где выступал за «Бордо», «Нанси» (первую и вторую команду)[4]. В июне 2012 года был на просмотре в бельгийском «Андерлехте»[5]. В мае 2013 года был анонсирован трансфер Сане в «Ганновер 96» и 1 июля 2013 года сенегалец подписал четырёхлетний контракт с немецким клубом[3][6].
Летом 2018 года Салиф Сане подписал контракт с «Шальке 04»[7]. Контракт с клубом был заключен до июня 2022 года[8].