Санчес начал карьеру в клубе «Тауро». 26 января 2010 года в матче против «Арабе Унидо» он дебютировал в чемпионате Панамы[1]. 3 октября в поединке против «Арабе Унидо» Маркос забил свой первый гол за «Тауро»[2]. В начале 2013 года Санчес на правах аренде перешёл в американский «Ди Си Юнайтед»[3]. 3 марта в матче против «Динамо Хьюстон» он дебютировал в MLS[4]. После окончания аренды Маркос вернулся в «Тауро».