Епархия просуществовала до дарования автокефалии Северо-Американской митрополии в 1970 году, когда Московский Патриархат упразднил все свои епархии в Северной Америке, а приходы Сан-Францисской епархии, пожелавшие остаться в составе Московского патриархата, были включены в состав патриарших приходов в США.