Себальос — воспитанник клуба «Сантос Лагуна». В 2013 году Серхио был включен в заявку на сезон. 31 октября того же года в матче против «Гвадалахара» он дебютировал в мексиканской Примере, заменив в конце встречи Дарвина Кинтеро[3]. 6 апреля 2014 года в поединке против «Монтеррея» Себальос забил свой первый гол за «Сантос»[4].
В начале 2016 года Серхио перешёл в «Пуэблу» на правах аренды. 7 февраля в матче против «Атласа» он дебютировал за новый клуб[5].
