Пинто — воспитанник клуба «Универсидад де Чили». В 2005 году он дебютировал за основной состав в чилийской Примере. В дебютном сезоне Себастьян не часто проходил в основной состав, поэтому в 2006 году он на правах аренды выступал за «Кобрелоа». В 2008 году Пенто покинул родину и следующие пару лет безуспешно пытался закрепиться в бразильском «Сантосе» и аргентинском «Годой-Крус». Летом 2009 года Себастьян вернулся в Чили подписав контракт с «Аудакс Итальяно». 4 октября в матче против «О’Хиггинс» он дебютировал за новую команду[3]. 26 января 2010 года в поединке против «Ньюбленсе» Пинто забил свой первый гол за «Аудакс Итальяно»[4].
Летом того же года Пинто вернулся на родину, присоединившись к «О’Хиггинс». 30 июля в матче против «Унион Сан-Фелипе» он дебютировал за новую команду[6]. 13 августа в поединке против «Палестино» Себастьян забил свой первый гол за «О’Хиггинс»[7]. 27 ноября в матче против «Уачипато» Пинто сделал «покер»[8]. В 14 матчах Себастьян забил 13 мячей став лучшим бомбардиром команды. В начале 2012 года Пинто перешёл в турецкий «Бурсаспор». 21 января в матче против «Сивасспора» он дебютировал в турецкой Суперлиге[9]. 25 января в поединке против «Генчлербирлиги» Себастьян забил свой первый гол за «Бурсаспор»[10].
Летом 2014 года на правах свободного агента Пинто перешёл в колумбийский «Мильонариос». 12 октября в матче против «Индепендьенте Медельин» он дебютировал в Кубке Мустанга[11]. 26 октября в поединке против «Альянса Петролера» Себастьян забил свой первый гол за «Мильонариос»[12]. В начале 2015 года Пинто вернулся в «О’Хиггинс». Через полгода Себастьян перешёл в «Эскишехирспор». В матче против «Антальяспора» он дебютировал за новый клуб. 7 декабря в поединке против «Трабзонспора» Пинто забил свой первый гол за «Эскишехирспор»[13].
Летом 2016 года Себастьян перешёл в «Кильмес». 18 октября в матче против «Унион Санта-Фе» он дебютировал за новую команду[14]. В начале 2017 года Пинто вернулся на родину в «Палестино». 11 марта в матче против «Депортес Икике» он дебютировал за новую команду[15]. 6 мая в поединке против своего бывшего клуба «О’Хиггинс» Себастьян забил свой первый гол за «Палестино»[16].
