Клуб основан 12 августа1967 года, в высшем дивизионе Парагвая дебютировал в 2012 году, после того как стал победителем Второго дивизиона в 2011 году. По итогам первой части своего дебютного сезона в Примере, «Серро Портеньо» расположился в середине турнирной таблицы, заняв 7-е место. Однако вторую половину сезона команда провалила (последнее место) и, заняв 11-е место в общей таблице сезона, вернулась обратно во Второй дивизион.
Домашние матчи проводит на стадионе «Хуан Эудес Перейра», вмещающем 5 000 зрителей.