Перальта начал карьеру в клубе «Уракан». 26 августа 1996 года в матче против «Лануса» он дебютировал аргентинской Примере. В 1999 году Сиксто перешёл в «Расинг» из Авельнеды. После выступления на молодёжном чемпионате мира в Перальта стал интересен многим европейским клубам и летом того же года перешёл в миланский «Интер». Сумма трансфера составила 4,5 млн евро. Из-за высокой конкуренции он почти сразу был отдан в аренду команде Серии B «Торино», которой помог выйти в Серию А. Сезон 2001/2002 Сиксто провёл в аренде в английском «Ипсвич Таун», но клуб выбыл из Премьер-лиги и Перальта вернулся в Италию. Летом 2002 года он на правах аренды вернулся в «Расинг».
В 2003 году Пеарльта стал свободным агентом и переехал в Мексику, где выступал за «Сантос Лагуна» и УАНЛ Тигрес. В 2006 году Сиксто в третий раз вернулся в «Расинг». В 2007 году он перешёл в «Ривер Плейт». 11 ноября в матче против своего бывшего клуба «Уракан» Перальта забил свой первый гол за новую команду[3].
