Воспитанник кулдигского футбола, в начале 2005 года Янис Скабардис присоединился к «Венте», в составе которой и дебютировал в Высшей лиге Латвии. После банкротства клуба, Янис Скабардис принял предложение присоединиться к «Вентспилсу».
Летом 2006 года Янис Скабардис перешёл в кекавскую «Ауду», а с сезона 2007 года уже являлся капитаном клуба. 27 ноября 2009 года Янис Скабардис был признан самым ценным игроком «Ауды» сезона 2009 года[2].
В начале сезона 2011 года «Сконто» арендовал Яниса Скабардиса до конца сезона, в связи с полученной травмой основным вратарём клуба — Каспаром Икстенсом[3].
Juris Purmalis.Auda glbj Skonto(латыш.). parSportu.lv (30 апреля 2011). Дата обращения: 30 августа 2011. Архивировано из оригинала 27 августа 2012 года.