В 1922 году был арестован ВЧК за «духовное обучение детей в храме». В 1925 году был арестован Коллегией ОГПУ СССР без объявления обвинения. Через два месяца после ареста был выпущен.
29 августа 1937 года был арестован за «систематическую контрреволюционную агитацию». 26 сентября тройка УНКВД СССР по Московской области приговорила отца Николая к расстрелу. 27 сентября протоиерей Николай Скворцов был расстрелян на Бутовском полигоне.