Яннис Смарагдис родился на острове Крит в 1946 году, в городе Ираклион. Изучал киноискусство в Греции и Париже, Франция. Дебютировал в 1972 с короткометражной лентой « …», которая получила первый приз на Афинском фестивале, а также специальный приз на Монреальском кинофестивале.
Яннис Смарагдис преподает курс масс-медиа, режиссёрского искусства и сценария в афинском университете Пантеон. Он опубликовал две книги: «Поэтическая география» (1995) и «Кавафис» (1997) — литературные формы сценария к фильму, посвященному Константиносу Кавафису.