Участник космического полёта Грегори Олсен проводил на МКС исследования и эксперименты в течение 10 суток и вернулся на Землю вместе с экипажем МКС-11 на корабле «Союз ТМА-6». Грегори Олсен — третий космический турист, оплативший своё космическое путешествие из собственных средств (примерно 20 миллионовдолларов США).
Основной экипаж МКС-12 проводил различные научные исследования и эксперименты, поддерживал МКС в рабочем состоянии, осуществил два выхода в открытый космос, принял и разгрузил три грузовых космических корабля «Прогресс». Один выход в открытый космос осуществлён из российского модуля «Пирс» в российских скафандрах, второй из американского модуля «Квест» в американских скафандрах.
Планировавшееся прибытие на станцию американского шаттла«Дискавери» STS-121 в 2005 году не состоялось. Из-за проблем с отслаивающейся тепловой изоляцией внешнего топливного бака его полёт был перенесён на июль 2006 года.
Экипаж МКС-12 возвратился на Землю 9 апреля 2006 года, вместе с ним на Землю вернулся и Маркос Понтес. «Союз ТМА-7» с космонавтами Токаревым, Макартуром и Понтесом на борту совершил посадку 9 апреля в 03:47 МСК в 54 км северо-восточнее города Аркалык в Казахстане.