Нью-Йорк переживает волну преступности. Репортёр Эйприл О'Нил обнаруживает, что ворами являются ниндзя. Когда уличная банда нападает на Эйприл, она сбегает в канализацию, где её спасают черепашки. От их вида она падает в обморок, и черепахам не остаётся ничего другого, как отнести её к себе на базу. Там Эйприл встречает их наставника, крысу Сплинтера, который рассказывает ей свою предысторию о японском ниндзя Хамато Ёси. Когда черепашки и Эйприл исследуют улицы на предмет происхождение воров, они обнаруживают группу роботов-ниндзя, по униформе которых Сплинтер опознаёт, что они принадлежат клану Фут. Эйприл может их разоблачить, но её похищает Шреддер. Черепашки отправляются в погоню, чтобы освободить её.

Примечание: Первое появление Черепашек (Леонардо, Донателло, Рафаэля и Микеланджело), Эйприл О’Нил, Мастера Сплинтера (Хамато Ёси), Шреддера, Бибопа, Рокстеди, Берна Томпсона и Вернона Фенвика, клана Фут^[1].

Лидер клана Фут Ороку Саки (Шреддер) решает вместе со своим партнёром Крэнгом из Измерения Икс превратить двух головорезов в мутантов, используя мутаген, который создал Сплинтера и Черепашек. Таким образом Бибоп и Рокстеди превращается в кабана и носорога. При попытке проникнуть внутрь Технодрома его охранные системы захватывают Сплинтера, и черепашки идут его спасать в Технодром.

Примечание: Первое появление Крэнга и Технодрома.

Шреддер нанимает учёного Бакстера Стокмана, потому что его изобретение крысы-роботы, охотники за мышами может помочь ему найти Сплинтера. После первоначальной атаки охотников за мышами, черепахи и Сплинтер идут прятаться в квартире Эйприл.

Примечание: Первое появление Бакстера Стокмана.

Примечание: Крэнг освобождает Микеланджело и помогает ему уничтожить управления устройством охотники за мышами.

Шреддер впервые открывает портал в Измерение Икс, откуда появляется компания Нейтрино и двое каменных солдат Крэнга, с которыми сразу завязывают бой Бибоп и Рокстеди. Шреддер останавливает бой и Трааг с напарником на танке отправляются ловить Нейтрино, которые уже познакомились с черепашками. Те вступают в бой, используя свою технику, и Леонардо удаётся вывести из строя танк Траага, но тем временем на место схватки прибывает полиция и солдаты. Трааг и его напарник отступают и, прежде чем добраться до Технодрома, запускают в небо синтезатор погоды — устройство, меняющее погоду в зависимости от его настройки, с которым теперь предстоит разбираться черепашкам.

Примечание: Первое появление нейтрино (Калы, Даска, и Зака), генерала Траага.

Примечание: Первый эпизод без Сплинтера.

Шреддер передаёт сообщение черепахам, демонстрируя генератор обратной мутации, который может превратить Сплинтера обратно в человека. Сплинтер отправляется за ним, а тем временем Шреддер помещает Крэнга в созданное для него тело. Черепахи приходят на помощь Сплинтеру и вступают в сражение с Крэнгом. Затем черепахи побеждают Крэнга и Сплинтер разрушает генератор обратной мутации, чтобы спасти черепах. Шреддер и Крэнг пытаются открыть портал вновь, но Донателло меняет полярность и весь Технодром втягивает в Измерение Икс.