После начала японо-китайской войны 1937—1945 годов Тайваньская армия, являясь в основном гарнизонными силами, была передана под управление Шанхайской экспедиционной армии. Часть Тайваньской армии — Тайваньская отдельная смешанная бригада — принимала участие в боевых действиях на континенте, и впоследствии на её базе была развёрнута 48-я пехотная дивизия.
В конце Второй мировой войны, когда положение Японии стремительно ухудшалось, для защиты от возможного вторжения Союзников Тайваньская армия была объединена с рядом других частей, стоящих гарнизонами на Тайване, а 22 сентября 1944 года Тайваньская армия вошла в состав нового 10-го фронта, в которой 1 февраля 1945 года была образована Армия тайваньского района с японцами из 10-го фронта в качестве командиров.